«Sudoku» ýapon dilinden terjime edilende, «aýratyn duran san» («su» —«san», «doku» — «ýeke özi») diýen manyny berýär. Oýnuň ady ýapon sözi bolsa-da, sanly tapmaça 2000 ýyl mundan öň Hytaýda döräpdir. Gadymy oýunda 3x3 öýjükden ybarat kwadrat 1-den 9-a çenli sanlar bilen doldurylypdyr. Şonda sanlaryň jemi dikligine, keseligine, gytaklaýyn goşulanda-da deň çykmaly eken.
Häzirki sudoku oýnunyň kada-kanunlaryny kesgitlän XVIII asyr şweýsar matematigi Leonard Eýlerdir. Onuň 1776-njy ýylda ýazan belliklerinde sanly tapmaçany 9x9, 16x16, 25x25, 36x36 öýjükden düzüp boljakdygy, sanlaryň dik hem kese sütünlerde gaýtalanmaly däldigi takyk düşündirilipdir.
