Gowaçanyň gämik wagtynda ýüze çykýan iň howply keseli kök çüýreme keselidir. Bu kesel toprakda duşýan ýarym saprofit kömeleklerden başga-da, kämilleşmedik kömelekler (Phizoctonia solani, Thielaviopsis basicola we Fuzarium spp.) tarapyndan ýüze çykýar.
Bu kesel gowaçanyň inçe we orta süýümli sortlaryna ýokuşýar. Ol inçe süýümli gowaçanyň ýaňy gögerip çykan gämigine hem-de ýetişen görnüşine, orta süýümli gowaçalaryň bolsa, diňe gämigine zyýan ýetirýär. Bu keseliň häsiýetli aýratynlyklary gowaçanyň gämik hem-de gozalary ýetişen döwründe ýüze çykýanlygydyr. Keseli dörediji Thielaviopsis basicola diýilýän toprak kömelegidir. Bu kömelek organiki maddalaryň dargamagy netijesinde dörän önümleri iýip, toprakda birnäçe ýyllap saklanýar. Kömelek esasy we gapdal kökleri hem-de kök boýunjygy arkaly gowaçanyň inçe süýümli sortlaryna, olaryň ösüşiniň täze fazasyna aralaşýar. Bu kömelek medeni ösümlikleriň we haşal otlaryň 900-den gowragyna zyýan ýetirýär. Emma ýorunja, noýba, bugdaýa, arpa, mekgejöwene we jöwen ýaly ekinlere ýokuşmaýar. Ol agyr toýun toprakly we ýerasty suwlaryň ýakyn ýerleşýän ýerlerinde ekinlere has ýygy-ýygydan ýokuşýar. Bir ekin meýdanynyň çäklerinde kök çüýreme keseli ýeriň bitekiz bolup, suwuň has köp toplanýan ýerlerinde ösümlikleri has köp zaýalaýar. Gowaça meýdanlarynda bu kesel gämik gögerip çykandan soň, 5-6 sany hakyky ýaprajyklary peýda bolýança ýüze çykýar.
