Чума – это природно-очаговая бактериальная особо опасная инфекционная болезнь. Природные очаги чумы (Yersinia pertis) были зарегистрированы на территории Африки, Америки, Азии и Европы. В пределах Евразийского региона встречается в Сибири, на Кавказе, в прибрежных районах Каспийского моря, в Центральной Азии отмечены 42 автономных очага чумы. В Туркменистане зафиксировано 5 автономных очагов чумы: Каракумы, Копетдаг, Кызылкумы, Устюрт, Мангышлак. В Каракумском автономном природном очаге чумы в настоящее время происходят антропургические изменения. В результате этого ареал обитания грызунов уменьшается, учащается близкий контакт между человеком и грызунами. Носителями возбудителя чумы в природных условиях являются более 235 мелких грызунов, а переносчиками 120 видов блох. В эпизоотологически спокойный период на энзоотийных местностях возрастает важность профилактических мероприятий [1, 2, 7].

Секвенирование (от лат. «sequentum» – последовательность) – это общее название методов, которые позволяют установить последовательность нуклеотидов или белков (полипептидов) в молекулах ДНК. Все они устроены так: сначала готовится большое число небольших участков ДНК (клонируется молекула ДНК многократно и «разрезается» в случайных местах), а потом читается каждый участок по отдельности. В результате секвенирования получают формальное описание первичной структуры линейной макромолекулы в виде последовательности мономеров в текстовом виде. Размеры секвенируемых участков ДНК начинаются от 100 пар нуклеотидов и выше. В результате секвенирования перекрывающихся участков ДНК получают последовательности участков генов, целых генов и даже полных геномов организма [3]. В настоящее время начато изучение чумы на молекулярно-генетическом уровне. Типичным штаммом возбудителя чумы является Y.pestis Soemedang (ATCC 19428). В качестве референт штаммов Y.pestis используются биовары восточного CO92 и среднеазиатского KIM (KIM10) [5, 6].