По мнению многих исследователей, Амударья образовалась 4 -5 тысяч лет назад. История этой реки очень сложна. Ею интересовались многие исследователи на протяжении длительного периода времени. Авторы античных времён – Геродот и Страбон, Птоломей и Поливий, жившие в IX – X вв., арабские авторы Ибн Хардабек и Ибн Русте, а также Истахри, Аль Максуди и великий хорезмский учёный Аль Бируни (X – XI вв.), Аль Омари, Казвини и Хафиз-Абруи, другие арабские исследователи, жившие в XIV – XV вв. оставили много интересных сведений об Амударье.

Но всегда ли она текла по нынешнему руслу? Античные и современные историки писали, что Амударья за время своего существования меняла своё направление несколько раз. Подтверждением тому являются остатки на равнинах Центральной Азии многочисленных русел, наполненных речными наносами. В античные времена греческие и римские учёные Амударью называли Окс, Оксус, арабские географы – «Джейхун».